2000-01: Στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ απέκλεισε την Αλβανική Τόμορι με 3-2 εκτός και 2-0 εντός αλλά στη συνέχεια αποκλείστηκε από την Μπριζ με 0-2 εκτός και 0-1 εντός. Στο πρωτάθλημα πήρε την 5η θέση ενώ στο κύπελλο αποκλείστηκε στον ημιτελικό από τη Νέα Σαλαμίνα με τον κανονισμό του εκτός έδρας γκολ.
2001-02: Η αποτυχία της προηγούμενης περιόδου έκανε τους πάντες στην ομάδα να πεισμώσουν με αποτέλεσμα να καταφέρει η ομάδα να κερδίσει το πρωτάθλημα για πρώτη φορά από το 1996.Έδωσε τη μεγάλη μάχη και πήρε τον τίτλο την τελευταία αγωνιστική. Στο Κύπελλο όμως δέχθηκε ταπεινωτική ήττα-αποκλεισμό από τη Σαλαμίνα (ομάδα Β΄Κατηγορίας) μέσα στο ΓΣΠ με 1-0.
2002-03: Η κατάκτηση του πρωταθλήματος έδωσε φτερά στους παίκτες του ΑΠΟΕΛ και στην Ευρώπη έφθασαν μια ανάσα πριν από τους ομίλους του Τσαμπίον Ληγκ όπου αποκλείστηκε στον 3ο προκριματικό από την ΑΕΚ Αθηνών με 2-3 και 0-1 (προηγουμένως το ΑΠΟΕΛ είχε αποκλείσει τη Φλόρα Ταλίν και τη Τομόρι). Είχε συνέχεια όμως στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ όπου κατάφερε να φθάσει στο 2ο γύρο της διοργάνωσης και να αποκλειστεί από τη Γερμανική Χέρτα με 0-1 και 0-4. Στον 1ο γύρο το ΑΠΟΕΛ είχε αποκλείσει την Αυστριακή Γκράτσερ. Έτσι το ΑΠΟΕΛ δημιούργησε μια νέα επίδοση για την Κύπρο αφού ήταν η πρώτη Κυπριακή ομάδα που κατάφερε να αγωνιστεί σε 10 Ευρωπαϊκούς αγώνες σε μια περίοδο. Με το ξεκίνημα της περιόδου το ΑΠΟΕΛ πρόσθεσε άλλο ένα τίτλο στη συλλογή του. Κατέκτησε με εντυπωσιακό τρόπο την Ασπίδα όταν νίκησε με 6-3 την Ανόρθωση. Στο πρωτάθλημα το ΑΠΟΕΛ έχασε τον τίτλο μέσα από τα χέρια του αφού 3 αγωνιστικές πριν από το τέλος αυτοκτόνησε στο ΓΣΠ χάνοντας με 3-2 από το Διγενή και έδωσε έτσι τον τίτλο στην Ομόνοια. Στο κύπελλο το ΑΠΟΕΛ αποκλείστηκε στον ημιτελικό από τη μετέπειτα κυπελλούχο Ανόρθωση.
2003-04: Ξεκίνησε την αγωνιστική περίοδο με τις Ευρωπαϊκές του υποχρεώσεις στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ και αφού απέκλεισε την Ντέρτι Σίτυ με 2 νίκες δεν τα κατάφερε απέναντι στην Μαγιόρκα στην επόμενη φάση. Στο πρωτάθλημα όμως κατάφερε να κερδίσει το τρόπαιο χάνοντας το αήττητο του μόνο στην τελευταία αγωνιστική με αντίπαλο την Ομόνοια. Στο κύπελλο αποκλείστηκε και πάλι στον ημιτελικό αλλά αυτή τη φορά από την ΑΕΛ.
2004-05: Στο Τσάμπιονς Ληγκ το ΑΠΟΕΛ πέρασε απευθείας στο 2ο προκριματικό όπου αντιμετώπισε τη Σπάρτα Πράγας. Έδωσε μια μεγάλη μάχη για την πρόκριση αλλά στο ΓΣΠ εξήλθε ισόπαλο 2-2 ενώ στον επαναληπτικό έχασε με 2-1. Κέρδισε την Ασπίδα νικώντας την ΑΕΚ . Στο πρωτάθλημα αρκέστηκε στη 2η θέση ενώ στο κύπελλο αποκλείστηκε στους ημιτελικούς από το Διγενή.
2005-06: Στο ΟΥΕΦΑ το ΑΠΟΕΛ αντιμετωπίζει στον 1ο γύρο τη Μπιρκιρκάρα Μάλτας την οποία και αποκλείει με 0-2 και 4-0. Στο 2ο γύρο κληρώνεται με τη Μακάμπι Τελ Αβίβ την οποία κερδίζει με 1-0 στο ΓΣΠ και μετά από εκπληκτική εμφάνιση παίρνει τη πρόκριση με 2-2 στο Ισραήλ. Στον 3ο γύρο το ΑΠΟΕΛ αγωνίζεται με την πανίσχυρη Χέρτα Βερολίνου όπου αποκλείεται με 0-1 και 3-1 στον επαναληπτικό. Στο πρωτάθλημα αρκείται στην 3η θέση ενώ κατακτά το κύπελλο για 19η φορά στην ιστορία του κερδίζοντας στον τελικό την ΑΕΚ με 3-2.
2006-07: Στην Ευρώπη το ΑΠΟΕΛ αντιμετωπίζει στον 1ο προκριματικό την Μουράτα (Σαν Μαρίνο) την οποία και καταφέρνει να αποκλείσει με 2 νίκες ενώ στο 2ο προκριματικό αντιμετωπίζει την Τουρκική Τραμζοσπόρ με την οποία φέρνει ισοπαλία 1-1 στο ΓΣΠ αλλά έχασε την πρόκριση στον επαναληπτικό στην Τουρκία όταν ηττήθηκε με 1-0. Κερδίζει το πρωτάθλημα για 19η φορά στη ιστορία του. Στο κύπελλο αποκλείστηκε στους ημιτελικούς με 1-1 και 3-1.
2007-08: Το ΑΠΟΕΛ παίρνει το κύπελλο κερδίζοντας την Ανόρθωση στον τελικό και συμμετέχει στο UEFA Cup 2008.Αφού περνά την Pelister Σκοπίων με 0-0 και 1-0 στον 1ο προκριματικό και τον Ερυθρό Αστέρα Βελιγραδίου με 2-2 και 3-3 στον 2ο προκριματικό, αντιμετωπίζει τη Schalke04 Γερμανίας στα πλαίσια του πρώτου γύρου του κυπέλλου UEFA και χάνει με 1-4 και 1-1.
2008-09: Ξεκινά τη χρονιά με τίτλο αφού παίρνει το Super Cup 2008 κερδίζοντας την πρωταθλήτρια 2007-08, Ανόρθωση, στο ΓΣΠ με 0-1.
2009-2010: Αυτή τη χρονιά το ΑΠΟΕΛ διένυσε μια καταπληκτική και μαγευτική πορεία στο Champions League. Στα προκριματικά της διοργάνωσης κατάφερε να αποκλείσει τις Streymur, Partizan και 
Copenhagen με αποτέλεσμα να πάρει την πρόκριση για τους Ομίλους της Κορυφαίας Διασυλλογικής Οργάνωσης για πρώτη φορά στην ιστορία του. Στον 4ο όμιλο κληρώθηκε με τις Chelsea, Porto και Atletico Madrid. Το ΑΠΟΕΛ στον πρώτο αγώνα του Champions League μετά από μια καταπληκτική εμφάνιση καταφέρνει να πάρει ισοπαλία μέσα στο Vicente Calderon έχοντας αντίπαλο την Atletico Madrid, παίρνοντας έτσι τον 1ο του βαθμό στο θεσμό. Η ομάδα μας μετά το τελευταίο παιχνίδι με την Chelsea στο Λονδίνο, αφού απέσπασε ισοπαλία 2-2, αποχαιρετά τη Διοργάνωση αφήνοντας τις καλύτερες εντυπώσεις και έχοντας αποκομίσει μεγάλες εμπειρίες. Δυστυχώς στο κυπριακό πρωτάθλημα, η χρονιά για την ομάδα μας δεν είχε αίσιο τέλος αφού τερμάτισε 2η και στον τελικό Κυπέλλου έχασε με 2-1 από τον Απόλλωνα.
